Po zainstalowaniu CloneCD, w pasku zadań systemu obok zegara znajdziesz małą ikonę: CloneCD Tray.
Jedno kliknięcie na niej spowoduje otwarcie menu z opcjami:
Uruchom CloneCD...: Powoduje uruchomienie programu CloneCD.
Ukryj nośnik CDR: Jeżeli włączysz tą opcję, wówczas możesz ukryć nośnik typu CD-R przed aplikacjami, które badają typ nośnika, z jakiego uruchamia się daną aplikację (w szczególności dotyczy to gier). Struktura nośnika jest wówczas reorganizowana w tle i zgłaszana jako oryginał (płyta tłoczona). Może to stanowić zaletę w niektórych (rzadkich) przypadkach. Ikona w pasku zadań zmienia swój kolor, w zależności od statusu tej opcji. Opcja ta nie jest dostępna w aplikacji przeznaczonej na rynki USA.